短刺鹤虱，二年生草本，全体密被灰色伏毛。
主根垂直，深褐色，自根颈发出数条地上茎。
茎高20-35厘米，中部以上多分枝。
基生叶莲座状，长圆形或匙形，长2-4厘米，先端钝，基部变狭成短柄，上面绿色有稀疏的长伏毛，下面密被灰色、平铺的绢状毛，果期多枯萎；
茎生叶线形，长1-2.5厘米，先端钝，无叶柄，叶缘具开展的白色缘毛。
花序在果期伸长，有小的线形苞片；
果梗直立，长1-2毫米；
花萼5深裂，裂片线形，长约2毫米，果期略增大；
花冠淡蓝色，筒部与花萼约等长，檐部直径约4-5毫米，裂片卵形。
果实卵状，长约2.5毫米；
小坚果皆同型，三角状卵形，背面具颗粒状突起，有时沿中线具不明显的龙骨状突起，边缘隆起呈棱状，其上有长仅0.1-0.2毫米的锚状短刺，腹面具颗粒状突起；
花柱细长，伸出小坚果之上1-1.5毫米。
