高山凤仙花，一年生细弱草本，高10-40厘米，全株无毛，具少数支柱根及须根。
茎直立，自下部或近基部起多分枝，小枝对生或近对生，几乎达基部具叶。
叶互生，具柄或无柄，叶片膜质，宽卵形，卵状长圆形，菱形或近圆形，长1.5-3厘米，宽1-2厘米，稀长5-6厘米，宽2-2.5厘米，顶端圆形或钝，基部宽楔形，边缘具浅波状圆齿或近全缘，侧脉5-7对，上面绿色，下面浅绿色，下部叶具长柄；
叶柄细，长1.5-3.5厘米，中部及上部叶无柄，心形抱茎，卵状长圆形，长2-3厘米，宽1.5-2.5厘米，基部具圆形的耳。
总花梗生于茎枝上部叶腋，短于叶，长1.5-2厘米，在下部的总花梗通常具1花，较上部的具2花；
花梗长5-15毫米，线状，在花下部具苞片；
苞片卵形或卵状披针形，长2毫米，渐尖，膜质，近宿存。
花极小，白色，长10毫米或较小；
侧生萼片2，宽卵形，长2-3毫米，顶端具硬小尖，具3-5脉，旗瓣圆形，长5-6毫米，顶端微凹，具小尖；
冀瓣无柄，长9-10毫米，2裂，基部裂片斜卵形，达冀瓣的中部，上部裂片长约基裂片的2倍，长圆状披针形，背部无小耳，顶端钝；
唇瓣檐部舟状，长6-7毫米，口部平展，宽5-6毫米，中部以下基部之间具长不及1毫米的尖距，状似无距。
花丝稍扁；
花药钝。
子房纺锤状，直立，长3-4毫米，喙尖。
蒴果线形，长2.5-4厘米。
种子多数，长圆形，褐色，具极细的小瘤。
花期8月，果期9月。
