藏南紫堇，矮小草本，高3.5-7.5厘米。
须根多数成簇，纺锤状肉质增粗，长达4厘米。
根茎短，具鳞茎；
鳞片数枚，覆瓦状排列，外部鳞片近圆形，长约1.1厘米，向内逐渐变小，最内部者椭圆形。
茎2-4条，柔弱，不分枝，裸露，近基部变细。
基生叶少数，叶柄长3-5.5厘米，平扁，向基部渐变细，叶片肉质，轮廓近圆形，直径1-1.2厘米，二回三出分裂，第一回裂片轮廓近圆形，2-3深裂，顶生裂片较长，小裂片长圆形或倒卵形，先端急尖；
茎生叶无。
总状花序顶生，长1.2-2厘米，少花，近伞房状排列；
苞片下部者扇状，长达6.5毫米，3-4深裂，向上渐小，上部者2圆裂或披针形全缘；
花梗长达2.7毫米。
萼片极小，全缘或2裂，早落；
花瓣蓝色，上花瓣长约1.2厘米，花瓣片舟状长卵形，长约8毫米，先端钝，背部具鸡冠状突起，距圆筒形，近囊状，长约4毫米，下花瓣长约9.2毫米，花瓣片近圆形，长约6毫米，具鸡冠状突起，爪楔形，长约3.2毫米，内花瓣提琴形，长约8毫米，花瓣片长圆形，长约4毫米，宽约2毫米，先端圆，爪与花瓣片近等长；
雄蕊束长约5毫米；
子房椭圆形，长约3毫米，压扁，具15-20枚胚珠，花柱粗，长约2.5毫米，压扁，柱头双卵形，上端具2乳突。
果未见。
花期6月前后。
