甘肃玄参，矮小草本，高5-40厘米。
根状茎细长，节上常有小球形、直径达5毫米的结节。
茎中空，直立，多少四棱形，有腺毛。
叶片卵形，基部圆形至近心形，长1-3厘米，边几全缘至有不规则粗齿，上面几无毛至具疏毛，下面毛较密，叶柄长达2厘米。
聚伞花序退化，具1-2朵花，单生上部叶腋，多少聚成顶生狭花序，总梗长1-2.5厘米，花梗略短，均生腺毛；
花萼长4-5毫米，有腺毛，裂片长卵形至卵状披针形，顶端钝至锐尖；
花冠绿白色，长约10毫米，花冠筒多少球形，上唇显著长于下唇，上唇裂片倒卵形，下唇裂片近圆形；
雄蕊稍短于下唇，退化雄蕊近圆形；
花柱长4-5毫米，稍长于卵形的子房。
蒴果卵圆形，长约8毫米。
花果期5-8月。
