紫花碎米荠，多年生草本，高15-50厘米；
根状茎细长呈鞭状，匍匐生长。
茎单一，不分枝。
基部倾斜，上部直立，表面具沟棱，下部无毛，上部有少数柔毛。
基生叶有长叶柄；
小叶3-5对，顶生小叶与侧生小叶的形态和大小相似，长椭圆形，长1.5-5厘米，宽5-20毫米，顶端短尖，边缘具钝齿，基部呈楔形或阔楔形，无小叶柄，两面与边缘有少数短毛；
茎生叶通常只有3枚，着生于茎的中、上部，有叶柄，长1-4厘米，小叶3-5对，与基生的相似，但较狭小。
总状花序有10几朵花，花梗长10-15毫米；
外轮萼片长圆形，内轮萼片长椭圆形，基部囊状，长5-7毫米，边缘白色膜质，外面带紫红色，有少数柔毛；
花瓣紫红色或淡紫色，倒卵状楔形，长8-15毫米，顶端截形，基部渐狭成爪；
花丝扁而扩大、花药狭卵形；
雌蕊柱状，无毛，花柱与子房近于等粗，柱头不显著。
长角果线形，扁平，长3-3.5厘米，宽约2毫米，基部具长约1毫米的子房柄；
果梗直立，长15-20毫米。
种子长椭圆，长2.5-3毫米，宽约1毫米，褐色。
花期5-7月，果期6-8月。
