旗杆芥，二年生草本，高30-80厘米。
茎直立，单一，圆柱形，粗壮，基部密被粗单毛，上部光滑无毛。
基生叶簇生，开展，叶片倒披针形至长圆形，长2-8厘米，宽1.5-2.5厘米，顶端渐尖，边缘具波状齿，基部渐狭，两面均被单毛及分叉毛，具叶柄；
茎生叶无柄，叶片卵状披针形至长圆形，长5-12厘米，宽1.5-3厘米，顶端渐尖，边缘全缘或偶具疏齿，基部箭形或戟形，抱茎，光滑无毛，具白粉（或在背面叶脉偶具疏毛）。
总状花序顶生，结果时延长；
萼片直立，宽披针形，长3-5毫米，宽1-2毫米，内轮2枚基部略呈囊状；
花瓣淡黄色，长匙形或狭长椭圆形，长6-8毫米，宽约1.5毫米，顶端全缘，基部具爪，脉纹显著；
子房圆柱形，柱头头状，浅2裂。
长角果狭圆柱形或略呈四棱形，长5-10厘米，宽1-2毫米，几贴于花序轴上或斜上伸展，果瓣压扁，具中脉，光滑无毛。
种子每室2行，种子卵圆形或近圆形，直径约1.5毫米，压扁，褐色，无膜质边缘。
花期4-5月，果期5-8月。
