三腺金丝桃，多年生草本，高（15-）30-50厘米；
根茎匍匐，分枝，向下生纤维状须根。
茎通常单一，上升，幼时压扁且具4纵线棱，其后呈圆柱形，不分枝或在中上部分枝，分枝均能育。
叶无柄或具短柄，叶柄长0-2毫米；
叶片狭椭圆形至长圆形。
长2-5.5（-7）厘米，宽0.6-1.3(-1.5) 厘米，先端钝形至圆形，基部渐狭，全缘，坚纸质，上面绿色，下面白绿色，全面、散布透明腺点，中脉在上面凹陷，下面凸起，侧脉每边5-6条，两面明显，先端弧状网结而形成近边缘的脉。
花序聚伞状，1-3花，近无梗或具总梗，约6-11个在茎或分枝上腋生；
总梗长0.5-6毫米；
苞片卵形，长约1毫米。
花开放时直径5-6毫米；
花蕾卵珠形，先端锐尖；
花梗长1-2毫米。
萼片卵形至长圆形，长3.5-5毫米，宽1.5-2毫米，先端钝形至圆形，全面有透明的腺条，直立。
花瓣白色，倒卵状长圆形至长圆形，长4-6毫米，宽2-3毫米，先端圆形，基部渐狭，全面疏布透明腺点。
雄蕊束3，长约3.2毫米，花丝连合至2/3，花药丁字着生，顶端有一个囊状透明腺体。
下位腺体3，鳞片状，长方形，长1-1.5毫米，宽0.8毫米，先端微凹。
子房卵珠形至椭圆形，长2.5-3毫米；
花柱长约1毫米，分离，直伸。
蒴果卵珠形，长6-8毫米，宽3-4毫米，先端锐尖，3爿裂。
种子深红褐色，圆柱形，长约1毫米，表面有细蜂窝纹。
花期7-8月，果期8-9月。
