祁连山棘豆，多年生草本，高9-22厘米。
主根褐色，根径3-4毫米。
茎较短，近缩短，具分枝，羽状复叶长6-15厘米；
托叶膜质，三角形，长13毫米，于1/3处与叶柄贴生，彼此分离，先端渐尖，疏被开展白色长柔毛；
叶柄与叶轴上面有沟，有时于小叶之间被淡褐色腺点，密被长柔毛；
小叶19-29，草质，对生，长卵形，长5-10毫米，宽3-5毫米，先端急尖，基部圆形，边缘有毛，两面密被贴伏淡黄色和白色柔毛。
5-14花组成密总状花序，花后伸长；
总花梗长11-19厘米，直立，具沟纹，被白色柔毛，上面混生黑色短柔毛；
苞片草质，狭披针形，长4毫米，宽约1毫米，先端渐尖，疏被柔毛；
花长7毫米，花萼钟状，长5-6毫米，宽约2毫米，被白色长柔毛，并混生黑色短柔毛，萼齿钻形，长3-4毫米；
花冠蓝色，旗瓣长7-8毫米，瓣片卵圆形，长5毫米，宽约5毫米，先端微凹，瓣柄长2毫米，龙骨瓣长7-8毫米，瓣片椭圆形，长5-6毫米，宽1.5毫米，瓣柄长2毫米，龙骨瓣长5-6毫米，喙长约0.5毫米，瓣柄长约2.5毫米；
子房长椭圆形，被疏柔毛或几无毛。
荚果硬纸质，圆柱状，褐色，下垂，长约13毫米，直径4毫米，先端具长1毫米弯曲的喙，腹缝具深沟，密被白色长柔毛，无隔膜，1室，种子多数。
种子圆肾形，长2毫米，宽约1.5毫米，褐色。
花期6-7月，果期7-8月。
