小花水柏枝，直立灌木，高1-2米；
老枝红褐色或暗紫褐色，有条纹，当年生枝红褐色。
叶线状披针形、卵状披针形或长圆形，长1.5-3毫米，宽0.5-1毫米，先端钝或急尖，基部略扩展，有狭膜质边。
总状花序侧生或顶生，较疏散；
苞片披针形或卵状披针形。
长3-4毫米，宽约1毫米，通常紫色或仅下部紫色，上部淡绿色，先端渐尖，具狭膜质边；
花小，长不超过5毫米；
花梗长1-2毫米；
萼片披针形，长1.5-2毫米，长不及花瓣之半，有狭膜质边；
花瓣狭倒卵形或狭椭圆形，长3-4.5毫米，宽约1-2毫米，内曲，淡紫色；
雄蕊短于花瓣，花丝2/3部分合生；
子房圆锥形，长2.5毫米，先端渐狭，柱头头状，3裂。
蒴果圆锥形，长9-11毫米。
种子长圆形，长1.5毫米，顶端芒柱全部被白色长柔毛。
花、果期5-8月。
