叉序草，草本，茎高达1米。
茎圆柱形，茎基部匍匐并生根，后直立，纤细，深绿色，下部无毛，向上被微柔毛。
叶具柄，叶片卵形至卵状椭圆形，长3.5-11厘米，宽2-4.8厘米，顶端渐尖，近全缘，基部楔形，上部叶的基部圆形，侧脉6-7对；
叶柄长1-3厘米，两面有褐棕色短柔毛。
花序顶生或腋生上部叶腋。
通常为多次2歧分叉的聚散花序，长达5-10厘米，宽3-8厘米，稀退化为总状；
花序轴有腺毛或稀有无柄腺毛几无毛，分枝稍扁平。
苞片披针形，无小苞片。
花萼裂片5，狭披针形，近钻形。
长4-7毫米；
花冠粉红色或白色，长2-3厘米，花冠筒下部细长，上部扩大成狭漏斗形，外面光滑，冠檐2唇形，上唇微凹，下唇3浅裂，裂片长3-6毫米，2侧裂片较狭；
雄蕊2，着生于花冠筒扩大部的中上部，花丝4-10毫米，无毛，2药室，长达4.5毫米，等大，平行，稍分离，在一半处叠生；
子房无毛，下部为一杯状花盘所围，具4粒胚珠，花柱无毛。
蒴果长12-14毫米，下部实心而短柄，上部具4粒种子。
种子有粗糙不规则脊皱褶，常有小而急尖的凸起。
