云南龙胆，一年生草本，高5-30厘米。
根系发达，主根明显。
茎直立，紫红色，密被乳突，常从基部或下部起多分枝。
叶较多，疏离，叶片匙形或倒卵形，长10-35毫米，宽4-13毫米，先端钝圆，基部渐狭，边缘微粗糙或平滑，叶脉1-3条，细而明显，叶柄细，与叶片等长或稍长。
花极多数，以1-3朵着生小枝顶端或叶腋；
无花梗；
花萼筒倒锥状筒形，长6-8.5毫米，裂片不整齐，3个大，匙形，长8-10毫米，2个小，狭椭圆形，长4-6毫米，先端钝圆，基部渐狭，边缘微粗糙或平滑，中脉在背面明显，弯缺圆形；
花冠黄绿色或淡蓝色，具蓝灰色斑点，筒形，长（1.5）2.2-2.6厘米，裂片卵形，长3-5毫米，先端钝，全缘，褶整齐，宽卵形，长0.7-1毫米，先端2浅裂或具细齿；
雄蕊着生于冠筒中部，内藏，不整齐，花丝线状钻形，3个长，长10-12毫米，2个短，长7-9毫米，花药矩圆形，长1-1.5毫米；
子房线形，长8-9毫米，两端渐狭，柄长4-5毫米，花柱线形，连柱头长2-3毫米，柱头2裂，裂片线状矩圆形。
蒴果内藏或先端外露，狭矩圆形，长11-13毫米，先端急尖，基部钝，柄常约与蒴果等长，稀长达35毫米；
种子褐色，近圆球形，直径0.5-0.7毫米，表面具浅蜂窝状网隙。
花果期8-10月。
