南山龙胆，一年生草本，高2.5-4厘米。
茎黄绿色，下部光滑，上部有细乳突，在基部多分枝，枝铺散。
基生叶大，在花期枯萎，宿存，卵形或卵圆形，长6.5-10毫米，宽3.5-6毫米，先端钝，具短小尖头，边缘软骨质，光滑，两面光滑，叶脉1-3条，在下面突起，叶柄极短；
茎生叶小，对折，疏离，与节间等长，矩圆披针形至线状披针形，长5-6毫米，宽1-2毫米，先端钝至渐尖，具短小尖头，边缘膜质，狭窄，光滑，两面光滑，中脉在下面突起，叶柄连合成长1-1.5毫米的筒。
花数朵，单生于小枝顶端；
花梗黄绿色，具细乳突，长2-5毫米，藏于最上部一对叶中；
花萼倒锥形，长5-6毫米，裂片三角形，长1.5-2毫米，先端急尖，具小尖头，边缘膜质，狭窄，光滑，中脉在背面突起，并向萼筒作短的下延，弯缺圆形或截形；
花冠开张，上部深蓝色，下部黄绿色，外面有黄绿色宽条纹，喉部具多数蓝黑色斑点，倒锥形，长11-12（14）毫米，裂片卵形，长2-2.5毫米，先端钝圆，褶卵形，长1.5-2毫米，先端钝，全缘或边缘具不显明细齿；
雄蕊着生于冠筒的中部，整齐，花丝丝状钻形，长3-3.5毫米，花药稍弯曲，矩圆形，长1.3-1.5毫米；
子房椭圆形，长2.5-3毫米，两端渐狭，柄长约1.5毫米，花柱线形，连柱头长1.5-2毫米，柱头2裂，裂片矩圆形。
蒴果外露，矩圆形，长3-4毫米，先端钝圆，有宽翅，两侧边缘有狭翅，基部钝，柄长至12毫米；
种子深褶色，狭椭圆形，长1-1.2毫米，表面具细网纹。
花果期6-7月。
