南疆黄芪，多年生草本。
根纤细，直径1.5-2毫米，淡黄褐色。
茎上升或平卧，纤细，长8-15厘米，被灰白色短伏毛，分枝。
羽状复叶有13-17片小叶，长2.5-3厘米；
叶柄长7-10毫米，连同叶轴被灰白色伏毛；
托叶中部以下合生，三角状卵形，长3-5毫米，先端渐尖，被黑毛，常混有白色半开展毛；
小叶对生，椭圆形或狭倒卵状长圆形，长3-4毫米，宽约2毫米，先端钝，基部宽楔形或钝形，上面疏被、下面密被灰白色伏毛；
小叶柄长约0.5毫米。
总状花序生10-15花，密集而短，花序轴长约1.5厘米；
总花梗长3.5-5厘米，较叶长，连同花序轴疏被灰白色短伏毛；
苞片线形，长2-3毫米，先端尖，被疏毛；
花梗长约1毫米；
花萼钟状，长4-5毫米，萼筒长约2-3毫米，被较密黑色及白色伏毛，萼齿钻形，长约2毫米，被黑色毛；
花冠淡紫色，旗瓣倒卵形，长约10毫米，宽5-5.5毫米，先端微缺（近2裂），基部渐狭，瓣柄不明显，翼瓣长约9毫米，瓣片狭长圆形，长6-6.5毫米，宽1.5-2毫米，先端钝圆，基部耳向外展，瓣柄长约3毫米，龙骨瓣长约7毫米，瓣片半圆形，长4-4.5毫米，宽2.5-3毫米，瓣柄长约3毫米；
子房有柄，被白色伏毛，柄长约2毫米。
荚果未见。
花期7-8月。