丽江当归，多年生草本，高80-100厘米，根褐色，圆锥形，分叉。
茎圆柱形，有细条棱，幼时被微柔毛。
基生叶及茎下部叶具柄，柄长7-12厘米，基部具小型叶鞘；
叶片轮廓宽卵形，长10-20厘米，三回三出式羽状分裂，一回羽片具柄，末回裂片卵状长圆形或披针形，长1.5-3.5厘米，基部宽楔形，顶端渐尖，边缘具不显著的细锯齿，两面沿叶脉粗糙或疏生短刺毛；
茎中、上部叶逐渐简化，无柄，具狭长形叶鞘。
复伞形花序顶生和侧生，花序梗长10-15厘米，被短柔毛；
总苞片未见；
伞辐40-60，粗糙，长3-6厘米，果时长达12厘米，不等长；
小总苞片6-8，线状披针形，短于花柄；
小伞形花序有花20-30，花柄长3-6毫米，被微柔毛；
萼齿不显著；
花瓣白色，倒卵形，顶端微凹，有内折小舌片；
花柱基扁圆锥形，花柱短。
果实近圆形或长圆形，长6-7毫米，背棱微突起，侧棱具较宽的翅，棱槽内油管1，合生面油管2。
花果期8-12月。