锡金丝瓣芹，直立草本，高55-80厘米。
块根，径约5毫米。
茎圆筒形，无毛，有条纹，多分枝，侧枝伸长。
基生叶的叶柄长4-8厘米，叶鞘狭窄；
叶片轮廓呈卵状三角形至长卵状三角形，通常2回羽状分裂，下面的一对羽片有短柄，末回裂片卵形，斜卵形至阔卵形，长1-2厘米，宽7-13毫米，3深裂或有不整齐的少数细齿，表面沿叶脉和齿缘有不明显的细毛；
序托叶小，叶柄呈鞘状，叶片3裂，裂片卵形至狭卵形，边缘有1-3裂齿或全缘。
顶生伞形花序梗长4.5-8厘米；
茎上部侧生伞形花序伸长，多数，近总状排列；
无总苞片和小总苞片；
伞辐3-6，开展，略不等长，长2.5-6厘米；
小伞形花序通常有花5，花柄丝状，长0.5-1.5厘米；
无萼齿；
花瓣白色，披针形或长圆状披针形，长约4毫米，宽0.6毫米，顶端丝状，长约占花瓣的2/3至3/4，有腺毛；
花丝短，花药卵圆形；
花柱基扁压，花柱在幼果时叉开。
果实在未成熟时阔卵形，长约2毫米，基部近微心形，顶端渐狭，主棱丝状；
每棱槽内油管3。
花期8月，果期9-10月。