高山丝瓣芹，矮小草本，高4-10厘米。
茎直立，下部有短分枝，略带紫色，无毛。
基生叶有短柄，柄长1-1.5厘米，叶鞘阔膜质，抱茎；
叶片轮廓呈阔卵形，三出式羽状分裂，羽片3深裂至基部，裂片近卵圆形以至倒卵圆形，长约2毫米，宽1.5毫米，顶端通常3浅裂。
伞形花序梗较坚硬，有沟槽；
无总苞片和小总苞片；
伞辐5-7，不等长，长1-2厘米，四棱形；
小伞形花序有花6-13，花柄长3-5毫米；
无萼齿；
花瓣卵形，长约1.8毫米，宽约0.7毫米，顶端尾状尖；
花丝极短，花药近圆形；
花柱基扁压，紫黑色，边缘微波状，花柱向外反折。
果实卵形，长约1.8毫米，宽1.5毫米，基部微心形，顶端渐窄，主棱丝状；
分生果横剖面近半圆形，胚乳腹面平直。
花期7月，果期8月。