新疆驼蹄瓣，多年生草本，高20-25厘米。
根木质，粗壮。
茎粗壮，节间长达4厘米，托叶离生，三角状，边缘膜质；
叶柄长8-18毫米；
小叶1对，扁平，稍肉质，倒卵形或近圆形，长2-4厘米，宽1.5-3厘米，先端圆形。
花梗长约5毫米，单生或并生叶腋；
萼片倒卵形；
花瓣稍狭，雄蕊长于花瓣，鳞片在中部，长为雄蕊之半。
蒴果倒披针形或矩圆形，下部渐窄，长2.5-4厘米，粗1-1.5厘米，稍具棱，成熟时开裂；
果梗长达1.5厘米；
每室有种子4-7粒。
种子卵形，长约3毫米，表面有小孔，边缘不整齐。
花期5-6月，果期7月。