云南花椒，小乔木，高约3米，或较矮小的灌木状；
小枝披散，灰色，散生弯钩短刺，嫩枝、小叶叶面中脉、花序轴等均被灰黄棕色长直毛，花梗及小叶柄的毛有时早脱落，中脉上有时有少数短刺。
叶有小叶5-13片；
小叶互生或有少数近于对生，纸质，斜卵形或偏斜的椭圆形长3.5-9厘米，宽2-4厘米，顶部长尾状，基部渐狭楔尖，沿小叶柄下延，两侧略不对称或兼有对称，叶背有疏少的仅在扩大镜下可见的油点，叶缘顶部有甚小的裂齿，齿缝处有1油点，中脉在叶面凹陷，侧脉每边10-16条；
小叶柄长4-10毫米。
聚伞圆锥花序顶生兼有腋生，花序轴及花梗均纤细；
花4基数，苞片细小；
萼片卵形，长约1/2毫米，被缘毛；
花瓣稍挺立，长椭圆形，长2-3毫米；
雌花的退化雄蕊长约1毫米。
果梗长7-10毫米，密被长柔毛；
成熟分果瓣明显不对称，基部稍延长，顶部的芒尖长约1/2毫米，油点甚小，单个分果瓣长5-6毫米。
花期5月，果期7-8月。
