保亭叉柱花，一年生草本，高12-20厘米；
茎直立，被疏柔毛。
叶对生，下部的叶柄长4厘米，上部的渐短至近无柄；
叶片纸质，椭圆形至椭圆状披针形，有时近卵形，长2.5-6厘米，宽1-2厘米，先端钝圆，基部楔形，两面无毛，背面中脉上被稀疏柔毛，上面黄绿色，背面苍白色，侧脉6-9对，边全缘。
穗状花序顶生或腋生于叶腋短枝，短枝的叶与长枝的同形，但小，最长的约3厘米，花序长约1厘米，花密集，总梗及花轴被柔毛；
花梗极短或无；
苞片椭圆形或匙状椭圆形，先端钝，长6-7毫米，宽约3.5毫米，背面及边缘被疏柔毛，羽状脉；
小苞片线状长圆形，急尖，长约6毫米，1脉，毛被同苞片；
花萼外面被柔毛，边缘有缘毛，5裂片不等，后面的线状长圆形，长约9毫米，前面的线形，长约8毫米，两侧的略短小，花冠紫色，长约9毫米，外面被微柔毛，内面雄蕊基部被疏柔毛，花冠管长约2毫米，喉部长约5毫米，冠檐裂片5，略不等，近圆形，径约1.7-2毫米；
能育雄蕊4，2强，着生于喉基部，花丝带状，被缘毛，长5毫米，另2稍短，药室卵形，长约1毫米，花丝在花药顶部着生，基部有附属物，不育雄蕊长约1毫米；
子房长圆形，无毛，2室。
每室有2列胚珠，每列12枚；
花柱长3毫米，无毛；
柱头2裂。
后裂片末端具2齿。
蒴果卵状长圆形，长约6毫米。
种子近圆形，直径约0.2毫米。