高山芹叶荠，多年生草本，高5-20厘米，全株被弯曲长单毛，并杂有分枝毛。
根茎粗长，近地面处分枝，并覆有宿存叶柄，地面上成密丛。
基生叶具柄，长5-8厘米，向基部变宽，有较长的睫毛；
茎生叶柄短或无柄，叶片羽状深裂，末端或近末端的裂片再作2回裂，小裂片2-3，近基部的裂片不再裂，裂片倒卵形或倒卵状椭圆形。
花序伞房状，果期伸长，下部数花有苞片，花梗长3-4毫米；
萼片长圆状卵圆形，长3-3.25毫米；
花瓣圆形或长圆状倒卵形，白色，后变黄色，长4-5毫米，具长爪。
短角果无毛，长倒卵形，长3.5-6毫米，果瓣舟状，两端均钝尖，中脉明显，隔膜完整或穿孔，厚。
种子1-2枚，褐色，长圆形，长1.8-2毫米。
花期6-7月。