滇桂喜鹊苣苔，多年生草本。
茎高20-40厘米，与叶柄、花序梗及花梗均被淡褐色长柔毛，下部具稍隆起的落叶痕。
叶对生；
叶片膜质，宽卵形，长5-11厘米，宽2.5-10厘米，顶端短尖，基部偏斜，心形，边缘具整齐的粗圆齿，其上复有小齿，两面均被贴伏状柔毛，下面脉上较密集，侧脉每边1-9条；
叶柄长6-11厘米。
聚伞花序2次分枝，顶生和成对腋生，具5-10花；
苞片和小苞片线形，长4-7毫米，被柔毛；
花梗长1.2-2厘米。
花萼裂片线状披针形，长1-1.3厘米，宽2-2.5毫米，顶端长渐尖，全缘，不反折。
花冠淡紫色，长约1.5厘米，直径7毫米，外面疏被短柔毛；
筒长7-9毫米，直径6-7毫米，边缘具缘毛；
上唇2裂，裂片长圆形，长4-6毫米，宽约9毫米，顶端具4个小圆齿，内面无毛，下唇长4.5-7毫米，3裂，裂片近相等，卵圆形，长2-3.5毫米，宽2-2.5毫米，内面具淡黄色髯毛。
雄蕊2，长约3毫米，无毛，着生于距花冠基部3-3.5毫米处，花丝在上部关节处叉分，上方一侧分叉不育，顶端具腺体，下方一侧分叉能育，花药椭圆形，长约2毫米，2室，顶端汇合；
退化雄蕊2，长2-2.5毫米，着生于距花冠基部3-4毫米处。
无花盘。
子房卵球形，长约3毫米，直径约1.5毫米，被短柔毛，花柱长约9毫米，为子房的3倍，上部弯曲，被疏短柔毛，柱头头状。
蒴果长圆形，长1.5-1.8厘米，直径3-4毫米，外面被柔毛，螺旋状卷曲。
种子小，卵状纺锤形，长0.3-0.4毫米，深褐色。
花果期9月。
