天山扭藿香，多年生草本。
茎直立分枝，茎、枝均四棱形，被疏柔毛。
叶卵圆形或狭卵圆形，长1.5-3厘米，宽0.9-2.1厘米，先端钝或近急尖，基部浅心形或截形至圆形，边缘具圆齿，两面均被柔毛，下面毛较长，疏被腺点，干时多少具皱，网脉在上面明显凹陷，下面凸起；
叶柄在中部的长约1厘米，在上部的近无柄。
聚伞花序3至多花，腋生，总梗通常长0.8-1.5厘米，被较密柔毛。
花萼管状钟形，向上扩大，长1-1.2厘米，具15脉，外被较长柔毛，内面在中部以上具毛环，筒口斜形，萼檐二唇形，上唇较长，齿披针形或卵状披针形，上唇3齿较宽。
花冠蓝色，长1.7-2.1厘米，外面多少被短柔毛，冠筒伸出萼外，冠檐二唇形，上唇3裂，中裂片较大，先端微凹，边缘具浅齿，侧裂片较小，近圆形，下唇2深裂，裂片阔椭圆状长圆形。
雄蕊4，前对外伸，花药稍叉开。
花柱外伸。
花期8月。
