阿尔泰扭藿香，多年生草本。
茎多数，直立或上升，高20-30厘米，分枝或不分枝，有时从基部长出与茎近等长的枝，茎、枝均四棱形，被微柔毛及腺毛。
叶卵圆形或卵状心形，长1-2.5厘米，宽0.8-2（3）厘米，先端钝或近急尖，基部多数心形，稀近截形或圆形，边缘具圆齿，两面密被短柔毛及腺点，网脉在下面凸起，叶柄短，大多数不超过1厘米，稀长达1.5厘米，在上部的近无柄；
茎枝下部的叶极小，特别在茎基部的退化成苞片状，干时带褐色。
聚伞花序腋生，总梗极短，长5毫米至近无梗；
苞片小，线状披针形，被短柔毛。
花萼管状钟形或近管形，向上略扩大，长8-9毫米，具12-15脉，外密被短柔毛及腺点，内面在喉部具毛环，萼檐二唇形，齿狭卵圆形或长圆状卵圆形，先端急尖，上唇3齿较高。
花冠蓝色，长16-18毫米，外被短柔毛，在冠檐部分较密，冠筒外伸，向上扩大，冠檐二唇形，上唇3裂，中裂片较大，先端微凹或浅2裂，侧裂片阔椭圆形，下唇2深裂，裂片近圆形。
雄蕊4，仅前对外伸。
花柱外伸，先端2裂，裂片近相等。
小坚果长圆状椭圆形，长约2毫米，暗褐色。
花期6-8月。