小籽口药花，一年生草本，高1-4厘米。
茎单一，直立，或从基部分枝，枝铺散，四棱形，基部节间短缩。
基生叶早落，匙形，连柄长2-4毫米，宽约1毫米，先端钝，基部狭缩成柄，边缘微粗糙；
茎生叶无柄，矩圆形或披针形，长2-6毫米，宽至2毫米，先端圆形或钝，基部不合生，边缘粗糙，叶脉不明显。
花5数，稀4数，单生茎或分枝顶端；
花梗四棱形，长5-15毫米；
花萼长为花冠的1/2，深裂至近基部，萼筒长约1毫米，裂片矩圆形或椭圆形，长2.5-5毫米，宽1-2毫米，先端钝，基部略狭缩，边缘微粗糙；
花冠蓝紫色，长4-10毫米，冠筒筒状，长3-7毫米，基部有8-10个腺体，裂片卵形，长1-3毫米，宽1.5-2.5毫米，先端钝，具小尖头，背面有乳突，深覆瓦状排列，互相覆盖达其宽度的1-3以上，外侧的一边下延于冠筒上成较高的纵脊；
雄蕊着生于冠筒喉部，花丝长近1毫米，花药黄色，矩圆形，长约1毫米；
雌蕊与雄蕊等高，子房披针形，先端渐尖，柱头小，2裂。
蒴果卵状披针形，长达13毫米，仅先端外露；
种子褐色，矩圆形，长约1毫米，表面光滑。
花果期9月。