林芝凤仙花，一年生草本，高达60厘米。
茎纤细，不分枝，稀有短分枝。
叶互生，膜质，线状长圆形或线状披针形，稀线形，长7-13厘米，宽0.8-1.8厘米，顶端尖或长渐尖，基部渐狭成长1-1.5厘米的细柄，边缘具锐细锯齿，基部边缘常有1对紫色具柄腺体，侧脉9-11对，无毛。
总花梗短，腋生，长2-3毫米，具2花；
花梗细，基部各有2钻状线形的苞片；
苞片宿存，顶端芒尖。
花大，长达4.5厘米，浅紫色；
萼片4，外面2，半球形，镰状弯、芒状渐尖、具3脉，内面2线形，芒尖，具1脉；
旗瓣圆形，背面中肋中部有小囊，角状喙尖；
翼瓣几有柄，基部裂片卵状长圆形，顶端圆形或微凹，具丝状小尖头，上部裂片宽长圆形，微凹而具小尖头，背面有反折的小耳；
唇瓣囊状，基部近圆形，狭成钩状内弯的距；
花药钝。
蒴果线形。
花期6-7月。
