黑水鳞毛蕨，植株高约40-50厘米。
根状茎直立，有分枝的细鞭，细鞭的顶端长成新的植株。
叶簇生；
叶柄长约20-30厘米，最基部黑色，上部禾秆色，疏被披针形、淡褐色鳞片；
叶片五角形，长约20-23厘米，宽约20-22厘米，三回羽状；
羽片约5-7对，基部一对最大，三角形，长约10厘米，宽约8厘米，小羽片约5-7对，下侧的小羽片较大，下侧基部一对小羽片最大，长约6-7厘米，宽约2-3厘米，羽状全裂；
末回小羽片约5-7对，三角状卵形，边缘羽状半裂至羽状深裂，裂片顶端和小羽片顶端具有针刺状的锐尖齿。
叶片纸质，干后绿色，叶轴和羽轴疏被披针形小鳞片，小羽片中脉下面具有泡状鳞片。
孢子囊群大，着生于小羽片或末回小羽片的中脉两侧；
囊群盖圆肾形，全缘。
染色体 n＝41。
