日本扁柏，乔木，高达40米，胸径达3米；
树冠尖塔形；
树皮淡红褐色，较平滑，裂成薄条片脱落；
枝条平展，红褐色，枝皮裂成鳞状薄片脱落。
鳞形叶较薄，先端钝尖，小枝上面之叶露出部分菱形, 长1-1.2毫米，绿色，小枝下面之叶被白粉，干时变红褐色或褐色，侧面之叶斜三角状卵形，长1-2毫米，先端微内弯。
球果圆球形，径10-11毫米，熟时红褐色；
种鳞4-5对，顶部为不规则五角形，表面皱缩，有不规则的沟纹，中央微凹，有凸起的三角状小尖头；
种子扁，倒卵圆形，两侧边缘有窄翅，稀具三棱，棱上有窄翅，红褐色，微有光泽，连翅长3-3.5毫米，宽2-3毫米。
