日本百金花，一年生草本，高5-30厘米，全株光滑无毛。
茎直立，淡绿色，几四棱形，多分枝。
基部叶具短柄，匙形，连柄长10-20毫米，宽8-10毫米，先端圆形，基部渐狭，叶脉1-3条在下面突起；
茎生叶多对，无柄，矩圆形、椭圆形或卵状椭圆形，长8-22毫米，宽3-12毫米，愈向茎上部叶愈小，先端钝圆或钝，基部圆形，半抱茎，叶脉1-3条，在下面明显，甚至稍突起。
花多数，无梗，单生叶腋和小枝顶端，呈穗状聚伞花序，5数；
花萼筒筒形，长3-4毫米，裂片直立，不整齐，狭椭圆形或线形，长6-8毫米，先端钝，中脉在背面稍突起；
花冠上部粉红色，下部白色，高脚杯状，长10-13毫米，冠筒细筒形，喉部突然膨大，裂片狭矩圆形，长3-5毫米，先端钝，全缘或具细齿；
雄蕊着生于冠筒喉部，整齐，花丝丝状，长1.5-2毫米，花药矩圆形，长0.5-0.7毫米，初时直立，后卷作螺旋形；
子房半二室；
无柄，狭椭圆形，长4-6毫米，两端渐狭，花柱线形，长3-3.5毫米，柱头膨大，2裂，裂片圆形。
蒴果无柄，狭矩圆形，长8-10毫米，先端具长的宿存花柱；
种子多数，黑褐色，圆球形，直径0.3-0.5毫米，表面具浅蜂窝状网隙。
花果期5-7月。
