短茎黄芪，多年生矮草本，无茎，被基部着生的柔毛。
根状茎纤细，斜生，节间长4-6毫米。
羽状复叶有9-13片小叶，长1.3-2厘米；
托叶草质，椭圆形，长2.5-3.5毫米，有小细尖，基部与叶柄贴生；
小叶常对生，长圆形或椭圆形，长2.6-4.2毫米，宽约1.6毫米，先端钝，近肉质，密被柔毛，具极短的小叶柄。
总状花序生多数花，密集而短，腋生，被黑色柔毛，有苞片；
花梗极短；
花萼近钟状，深5裂，长约4.2毫米，被黑色柔毛，萼齿狭细，直立，瞬即倾斜，长约1.6毫米；
花冠紫色，旗瓣上部宽圆形，长约6.3毫米，无毛；
子房有柄，无毛，假2室，花柱无毛。
荚果未见。
花期7月。