福建马兜铃，草质藤本；
根细长，长圆柱形，黄褐色；
茎长50-100厘米，绿色而稍带紫色，有棱，密被白色或褐色长柔毛。
叶厚纸质，心形或卵状心形，位于茎下部的叶较大，长与宽均4-11厘米，顶端短尖，基部心形，湾缺深1-1.2厘米，两侧裂片宽圆形，长1-2厘米，宽2-4厘米，边全缘，两面均被白色或褐色长柔毛，下面被毛较密；
基出脉5-7条，延伸至上部常多分枝而互相连接，最末级网脉树枝状分枝，互相连接，密布油点；
叶柄纤细，长2-8厘米，密被褐色或白色长柔毛；
总状花序有花3-4朵或有时1朵生于叶腋，花序梗和花序轴极短，花梗长5-15毫米，近基部具小苞片；
小苞片卵形或卵状心形，长5-10毫米，宽5-7毫米，下面密被白色长柔毛；
花被长达3厘米，基部膨大呈球形，直径约4毫米，向上急遽收狭成一长管，管口扩大呈漏斗状，外面密被白色长柔毛，绿色而具紫色纵条纹；
檐部一侧极短，另一侧向上延伸成舌片；
舌片卵状披针形，长8-16毫米，顶端延伸成长1-1.5厘米而弯扭的尾尖，暗紫色，具纵脉纹；
花药卵形，贴生于合蕊柱近基部，并单个与其裂片对生；
子房圆柱形，6棱；
合蕊柱顶端6裂。
蒴果长圆形或倒长卵形，长约2厘米，直径约1厘米，成熟时暗褐色，被褐色或白色长柔毛；
果梗纤细，下垂；
种子卵状三角形，褐色，长宽均约3毫米，背面平凸状，密布小点，腹面凹入，中间具种脊。
花期3-4月，果期5-8月。
