阿尔泰蝇子草，亚灌木状草本，高15-50厘米。
根粗壮。
茎丛生，直立，不分枝或仅基部分枝，下部微粗糙，被短柔毛，上部分泌粘液。
叶片线形或钻形，质坚硬，长1.5-3厘米，宽0.5-1毫米，顶端急尖，边缘粗糙，基部具缘毛，后期断面呈三角形，顶端具刺芒尖。
总状花序具2-5花，花常互生，花梗长约10毫米，无毛，分泌粘液；
苞片卵形，顶端渐尖，边缘膜质，具缘毛；
花萼筒状棒形，长12-15毫米，被短柔毛，纵脉紫色，萼齿短，卵形，顶端钝或急尖，边缘膜质，具缘毛；
雌雄蕊柄被短毛，果期长4-6毫米；
花瓣白色，长约20毫米，爪微露出花萼，狭倒披针形，无耳，瓣片2裂，深达瓣片的1/2以下，裂片线形，顶端钝；
副花冠片小，长圆形；
雄蕊不外露，花丝无毛；
花柱微外露。
蒴果长圆状卵形，长8-10毫米，裂齿外弯；
种子三角状肾形，长约1.5毫米，褐色。
花期6-7月，果期7-8月。