细叶卷柏，土生或石生，直立或基部横卧，高(5-) 15-20 (-30)厘米，具一横走的地下根状茎和游走茎，主茎基部无块茎。
根托生于茎的基部或匍匐根状茎处，长0.5-1.5厘米，纤细，直径0.1-0.2毫米，根少分叉，被毛或近无毛。
主茎自中下部开始羽状分枝，不呈“之”字形，无关节，禾秆色或红色，主茎下部直径0.4-1.4毫米，茎圆柱状，具沟槽，无毛，维管束1条，直立能育茎中部开始分枝，侧枝3-5对，2-3回羽状分枝，分枝稀或密，主茎上相邻分枝相距1-5厘米，分枝无毛，背腹压扁，末回分枝连叶宽（2.2-）3-3.5（-5.5)毫米。
叶全部交互排列，二形，草质，表面光滑，无虹彩，边缘不为全缘，具白边，不分枝主茎上的叶排列较疏，主茎上的叶大于分枝上的，二形，绿色，地下根状茎和游走茎上的叶褐色，背部不呈龙骨状，边缘具短睫毛。
主茎上的腋叶较分枝上的大，卵圆形，基部钝，不对称，卵状披针形，（1.4-)2.0-2.4（-2.9）毫米×（0.5-）0.8-1.0（-1.3）毫米，边缘具细齿或具短睫毛。
中叶多少对称，主茎上的明显大于分枝上的，分枝上的中叶卵形或卵状披针形，0.9-2.0毫米× 0.3-0.8毫米，排列紧密，背部呈龙骨状或不呈龙骨状，先端常向后反折，先端具芒，芒常弯曲，基部近心形，非盾状，边缘具细齿或睫毛。
侧叶不对称，主茎上的明显大于侧枝上的，侧枝上的侧叶卵状披针形或窄卵形到三角形，略斜升，相距较远，1.7-3.2毫米×0.6-1.2毫米，先端急尖。
边缘具细齿或具短睫毛，上侧基部扩大，加宽，覆盖小枝，上侧基部边缘具短睫毛，先端具细齿，下侧基部圆形，具细齿或睫毛，先端齿状。
孢子叶穗紧密，背腹压扁，单生于小枝末端，5.0-18毫米×1.3-3.0毫米；
孢子叶略二形或明显二形，倒置，具白边，上侧的孢子叶卵状披针形，边缘具缘毛或细齿，先端渐尖，上侧的孢子叶具孢子叶翼，孢子叶翼不达叶尖，边缘具短睫毛或细齿，下侧的孢子叶卵圆形，边缘具细齿或短缘毛，先端具芒或尖头，龙骨状；
大孢子叶和小孢子叶相间排列，或大孢子位于基部的下侧或上部的下侧。
大孢子浅黄色或橘黄色；
小孢子橘红色或红色。
