小翠云，土生，匍匐，长15-45厘米，无横走地下茎。
根托沿匍匐茎和枝断续生长，由茎枝的分叉处上面生出，长5-13厘米，纤细，直径0.1藓一0.2毫米，近无毛。
主茎通体呈不是很规则的羽状分枝，不呈“之”字形，具关节，禾秆色，主茎下部直径0.6-1.2毫米，茎近四棱柱形或具沟槽，维管束2条；
侧枝10-20对，像主茎2-3回羽状分枝，小一样发达，枝排列稀疏，不规则，主茎上相邻分枝相距2-5厘米，分枝无毛，背腹压扁，末回分枝连叶宽3-6毫米。
叶全部交互排列，二形，草质，表面光滑，边缘非全缘，不具白边。
主茎上的腋叶不明显大于分枝上的，长圆状椭圆形，基部钝，分枝上的腋叶对称，长圆状椭圆形，2.3-3.8毫米×1.0-2.0毫米，边缘有细齿，基部钝。
中叶不对称，分枝上的宽椭圆状披针形，2.1-2.8毫米×0.6-1.0毫米，背部不呈龙骨状或略呈龙骨状，先端渐尖，基部斜，略呈单耳，边缘具细齿。
侧叶不对称，分枝上的卵状椭圆形，外展，相距较远，2.4-4.0毫米×1.2-1.8毫米，先端急尖，具细齿，上侧边缘基部不加大，上侧边缘有细齿。
孢子叶穗紧密，四棱柱形，端生或侧生，单生，3-4毫米×1毫米；
孢子叶一形，卵状披针形，边缘有细齿，不具白边，先端渐尖；
只有一个大孢子叶位于孢子叶穗基部的下侧，其余均为小孢子叶。
