小卷柏，土生或石生，短匍匐，能育枝直立，高5-15厘米，无游走茎。
根托沿匍匐茎和枝断续生长，自茎分叉处下方生出，长1.5-4.5厘米，纤细，直径0.1-0.2毫米，根少分叉，无毛。
直立茎通体分枝，不呈“之”字形，无关节，禾秆色，茎下部直径0.2-0.4毫米，具沟槽，无毛，维管束1条；
侧枝2-5对，不分叉或分叉或1回羽状分枝，分枝稀疏，茎上相邻分枝相距2-3厘米，叶状分枝和茎无毛，背腹压扁，茎在分枝部分中部连叶宽3-3.8毫米，末回分枝连叶宽2-3.6毫米。
叶全部交互排列，二形，多少较直径（叶脉不明显），表面光滑，边缘非全缘，不具白边。
分枝上的腋叶近对称，卵状披针形或椭圆形，1.4-1.6毫米x 0.4-0.8毫米，边缘睫毛状。
中叶多少对称，分枝上的中叶卵形或卵状披针形，1.2-1.6毫米x 0.5-0.8毫米，紧接或覆瓦状，背部不呈龙骨状，先端常向后弯曲，先端具长尖头到具芒，基部钝，边缘具睫毛。
侧叶不对称，侧枝上的侧叶长圆状卵形或宽卵圆形，外展或略下折，1.6-2.0毫米x 0.8-1.2毫米，先端急尖和具芒（常向后弯），上侧基部扩大，加宽，覆盖小枝，上侧基部边缘不为全缘，上侧边缘具睫毛，下侧边缘不为全缘，具睫毛。
孢子叶穗疏松，或上部紧密，圆柱形，单生于小枝末端或分叉，12-35毫米x2.0-4.0毫米；
孢子叶和营养叶略同形，不具白边，边缘具睫毛，略呈龙骨状，先端具长尖头；
大孢子叶分布于孢子叶穗下部的下侧或大孢子叶与小孢子叶相间排列。
大孢子橙色或橘黄色；
小孢子橘红色。
