云南玄参，较细弱草本，一般高30-40厘米，稀可达80厘米。
根状茎较细，向下或斜入地中。
茎有腺毛，下部略作四棱形，容易压扁。
叶约4-5对，常多集于下部，下方一对有时很小，第2,3对最大，叶片椭圆状卵形至矩圆状倒卵形，长达8厘米，宽达5厘米，基部常多少心形、截形至宽楔形，边有波状重锯齿，两面疏被白毛或下面仅在脉上有毛；
叶柄长达3.5厘米，有长毛，具狭翅。
顶生狭聚伞圆锥花序长8-20厘米，聚伞花序含花2-5朵，花梗和总梗均有腺毛，长均可近2厘米；
花萼长约4.5毫米，裂片卵圆形，顶端钝圆；
花冠绿色，长7-10毫米，花冠筒多少球形，上唇长于下唇，裂片圆形，相邻边缘互相重叠，下唇3裂片不相等，中裂片较小；
雄蕊等长或稍超过下唇，退化雄蕊倒心形至近圆形；
子房长约2毫米，具长达3毫米的花柱。
蒴果狭长卵形，长约8毫米。
花期5-8月，果期8-9月。
