腋花马先蒿，植株软弱草质，常倾卧，干时变为黑色，多年生。
根茎细长如鞭，不完全而已然中断者尚长达14厘米，有节及分枝；
节上留有一对至数对卵形而有尾状尖头的鳞片，在31大的植株中节上发出多少纺锤形的肉质之根。
茎常2-4条自根茎顶端发出，对生，各条又在基部分枝，枝亦修长偃卧，故粗看茎数愈多，茎枝有疏细毛，在分枝处有较密的褐色长毛。
叶有柄，多对生，柄长达2.5厘米，叶片椭圆状披针形，大者长达8厘米，宽3厘米，羽状全裂，裂片尖长圆形，5-12对，羽状深裂至浅裂，小裂片披针形至三角状卵形，约5-6对，有锐锯齿。
花均腋生，有梗，梗开花时直立，花后伸长而弯曲，长达2.5厘米；
萼长6毫米，陀螺状圆筒形，有5齿，齿自狭而全缘的基部上升，变为宽椭形而有缺刻状锯齿；
花冠之管为萼的两倍，伸直无毛，下唇长8毫米，裂片亚相等，中裂多少向前凸出，均有缘毛，盔以直角转折向前，至额部很快即狭细而成为伸直并稍稍指向前下方之哟，喙约与含有雄蕊的部分等长；
花丝无无毛。
蒴果偏圆形，扁平，半为宿萼之萼管所包裹，长约8毫米，宽达6.5毫米，两室不等，有完全偏处于基线而指向下方的尖喙，喙长达2毫米。
花期6-8月。
