海南垂穗石松,中型至大型土生植物,主茎直立,高达30-150厘米,圆柱形,中部直径2.0-3.5毫米,多回不等位二叉分枝;
主茎上的叶螺旋状排列,稀疏,钻形,长约3毫米,宽约0.5毫米,通直或略内弯,基部圆形,下延,无柄,先端渐尖,边缘全缘,中脉不明显,薄草质。
侧枝上斜,多回不等位二叉分枝,有毛或光滑无毛;
侧枝及小枝上的叶螺旋状排列,密集,强度上弯,钻形,向基部变狭,镰状弯曲,长2-3毫米,宽0.5-0.8毫米,基部粗壮,下延,无柄,先端渐尖,边缘全缘,表面有1-3条纵沟,光滑或具短柔毛,中脉不明显,厚草质至革质。
孢子囊穗单生于小枝顶端,短圆柱形,通常下垂或略下垂,长3-5毫米,直径2.0-2.5毫米,淡黄色,无柄;
孢子叶卵状菱形,覆瓦状排列,长约0.6毫米,宽约0.8毫米,先端急尖,尾状,边缘膜质,具不规则锯齿;
孢子囊生于孢子叶腋,内藏,圆肾形,黄色。