高山扁枝石松，小型至中型土生植物，主茎匍匐状，长30-70厘米。
侧枝近直立，高6-10厘米，多回不等位二叉分枝，小枝扁压状，有背腹之分。
叶螺旋状排列，密集，鳞片状，紧贴小枝而使小枝呈绳索形，长0.7-1.5毫米，宽约0.8毫米，基部贴生在枝上，无柄，先端尖锐，略内弯，边缘全缘，中脉不明显，草质。
孢子囊穗双生于短小的孢子枝顶端，圆柱形，长1.1-2.5厘米，淡黄色；
孢子叶宽卵形，覆瓦状排列，长约2毫米，宽约1.2毫米，先端急尖，尾状，边缘膜质，具不规则锯齿；
孢子囊生于孢子叶腋，内藏，圆肾形，黄色。
