毛果通泉草，多年生草本，高10-30厘米，全体被多细胞白色或浅锈色长柔毛。
主根短，倾斜向下，长约2-4厘米，侧根同须根多数。
茎圆柱形，细瘦，坚挺，通常基部木质化并多分枝，直立或倾卧状上升，着地部分节上常生不定根。
基生叶少数而早枯萎；
茎生叶对生或上部的互生，倒卵形至倒卵状匙形，膜质，长1-4厘米，基部渐狭成有翅的柄，下部的柄长达1厘米，渐上渐短，上部的近于无柄，边缘有缺刻状锯齿。
总状花序顶生，短或伸长可达20厘米，花疏稀；
苞片小，钻状，花梗细长，较萼短或近等长；
花萼钟状，果期长5-8毫米，直径小于1厘米，萼齿与筒部近等长，三角状披针形，急尖，萼脉10条稍突出，明显，沿脉同边缘被短纤毛；
花冠白色或淡紫色，长8-12毫米，上唇裂片狭尖，下唇侧裂片圆形，全缘，中裂片较小，稍突出，卵圆形，端圆或微凹；
子房被长硬毛。
蒴果小，卵球形，淡黄色，被长硬毛；
种子表皮有细网纹。
花期5-6月，果期7-8月。
