小花紫草,多年生草本,根在幼嫩时稍含紫色物质。
茎通常单一,直立,高可达1米,有短糙伏毛,上部通常多分枝,枝斜伸,无明显的弯曲。
叶无柄,披针形至卵状披针形,长3-8厘米,宽5-15毫米,先端短渐尖,基部楔形或渐狭,两面均有糙伏毛,脉在叶下面凸起,沿脉有较密的糙伏毛。
花序生茎和枝上部,果期长可达15厘米,苞片与叶同形而较小;
花萼裂片线形,长约5毫米,果期可达7毫米,背面有短糙伏毛;
花冠白色或淡黄绿色,长4-6毫米,筒部比檐部长1倍,檐部裂片长圆状卵形,直立,长约1.5毫米,边缘波状,喉部具5个附属物,附属物短梯形,长约0.4毫米,密生短毛;
雄蕊着生花冠筒中部,花丝长约0.4毫米,花药长约1.2毫米;
花柱长约2毫米,柱头头状。
小坚果乳白色或带黄褐色,卵球形,长约3毫米,平滑,有光泽,腹面中线凹陷成纵沟。
花果期6-8月。