黄芩母草，草本；
根须状；
茎细弱，长达20-36厘米，基部倾卧蔓延，多分枝，节上生根，面上有沟，有细毛。
叶有长约5毫米的短柄；
叶片三角状卵形，长1.6-2.5厘米，宽8-15毫米，顶端急尖或微钝，基部宽楔形至亚截形，或亚心形，边缘有6-10对三角形锐头的锯齿，上面无毛，颜色较深，下面沿叶脉毛较多。
花序为伸长而稀疏的总状花序，有花6-10朵，花对生。
花梗长1-1.8厘米，向上渐短，有极稀疏的毛；
苞片条状披针形，长约5毫米，有稀疏的毛；
萼钟状，仅基部联合，齿条状披针形，长5-9毫米，顶端渐尖，全缘，外面有稀疏的短毛，有一条明显的中脉；
花冠长达13毫米，上唇2裂而狭，下唇3裂，裂片宽卵形，中间较大，比上唇稍长；
前方2枚雄蕊花丝基部有棍棒状附属物；
柱头片状。
蒴果椭圆状矩圆形，比宿萼稍短。
