云南毛果草，一年生草本，高3-9厘米。
茎1条或多条，直立或外倾，通常只在中部以上有分枝，具柔毛。
叶无柄或近无柄，倒卵形至卵状长圆形，长5-13毫米，宽2-6毫米，两面都有长柔毛，先端钝，基部楔形，仅基生叶的基部渐狭，脉不明显。
花序生于每个分枝的顶端，初时长约5毫米，有少数花，以后逐渐延长，可达2厘米，无苞片，花有花梗，花序下部的花梗长可达8毫米；
花萼长约2.5毫米，外面有长柔毛，裂片线形；
花冠蓝色，筒部与萼近等长，檐部直径约4毫米，裂片近圆形或宽倒卵形，开展，喉部附属物短梯形，微2裂；
花药卵圆形，长约0.5毫米；
花柱长约0.7毫米。
小坚果狭卵形，长约1.4毫米，褐色，横皱纹上密生短伏毛，背面中线微龙骨状隆起，着生面卵状线形。
6-7月开花。