云南小苦荬，多年生草本，高8-15厘米。
根状茎短缩。
茎直立，单生，自基部分枝，全部茎枝无毛。
基生叶莲座状，椭圆形、倒卵形或倒披针形，长1-2.5厘米，宽5毫米，顶端圆形，有小尖头，边缘全缘或微波状，叶柄长达1厘米；
茎叶集中在茎的下部，少数，椭圆形或倒披针形，顶端圆形，有小尖头，或卵形，而顶端急尖；
上部茎叶及花序分枝下部的叶极小，钻形，无柄。
头状花序多数或少数在茎枝顶端排成圆锥状花序，含11枚舌状小花。
总苞圆柱状，长5-6毫米；
总苞片2层，外层极短小，长1毫米，宽0.5毫米，卵形，顶端急尖，内层长，长椭圆形，长5-6毫米，宽不足1毫米，顶端急尖。
舌状小花黄色。
瘦果长椭圆形，黄褐色，长3. 2毫米，宽0.6毫米，有10条高起的钝肋，上部沿肋有小刺毛，顶端渐细成长1毫米的喙，喙细丝状。
冠毛白色，纤细，微糙，长3.8毫米。
花果期6月。
