云南斑种草，二年生草本，高30-40厘米。
茎数条丛生，直立或斜升，分枝，被开展的硬毛及伏毛。
基生叶莲座状，长5-6厘米，宽0.7-1.2厘米，先端钝或尖，基部渐狭成柄，上面粗糙，密生具基盘的长硬毛及伏毛，下面密生向下的短伏毛；
茎下部叶倒披针形，先端钝，基部楔形，无柄；
茎上部叶长圆形或长圆状披针形，长1.5-3厘米，宽0.5-1厘米，先端尖，基部宽楔形或圆形，无柄。
花序顶生及侧生，长3-10厘米；
苞片卵形，长5-8毫米，宽3-5毫米；
花梗短，密生开展的硬毛；
花萼长1.5-2毫米，花后稍增大，外面密生向上的黄色硬毛及短伏毛，内面密生向上贴伏的伏毛，裂片披针形或卵状披针形，裂至近基部；
花冠蓝色或紫色，长约3毫米，檐部直径4毫米，裂片圆形，直径约1毫米，喉部附属物梯形，先端微凹，高约0.2毫米；
花药卵圆形，花丝极短，着生花冠筒基部以上0.5毫米处；
花柱圆柱形，极短，长不及花萼1/2，柱头头状。
小坚果长约1毫米，密生粒状突起，腹面环状凹陷成纵椭圆形，凹陷的边缘有不规则的小齿。
