日本小檗的雄蕊长3-3.5毫米。
日本小檗的茎刺单一，偶尔三分叉，长5-15毫米。
日本小檗的花期为4-6月，果期为7-10月。
日本小檗的叶子薄纸质，倒卵形、匙形或菱状卵形，长1-2厘米，宽5-12毫米。