日本小檗的茎刺单一，偶尔三分叉，长5-15毫米。
日本小檗的花2-5朵组成具总梗的伞形花序，或近簇生的伞形花序或无总梗而呈簇生状。
日本小檗的根和茎含小檗碱，可供提取黄连素的原料。
日本小檗的根皮可作为健胃剂。