日本小檗的根和茎含小檗碱，可供提取黄连素的原料。
日本小檗的花期为4-6月，果期为7-10月。
日本小檗的叶子薄纸质，倒卵形、匙形或菱状卵形，长1-2厘米，宽5-12毫米。
民间用日本小檗的枝、叶煎水服，可以治疗结膜炎。