长枝蛇菰，草本，高10-20厘米，全株红黄色至暗红色；
根茎具重复分枝的习性，枝倒卵圆形渐呈圆柱状，表面密被疣瘤并散布星芒状小皮孔，裂鞘常3-5短裂或不裂；
花茎长5-15厘米；
鳞苞片10-12枚，旋生，覆瓦状排列，在花茎基部的呈阔卵形，长约1厘米，在花茎中部的呈长圆形，在花茎顶部的呈近匙形，长3-3.5厘米，较紧贴并部分遮着花序，全部膜质，有细纵纹，新鲜时带肉质，干时变暗灰色。
花雌雄异株（序）；
雄花序圆柱状长圆形，长3-6厘米；
雄花花被紫色，直径8-10毫米，两侧对称，4裂，裂片长4-4.5毫米；
上下2枚阔卵形，顶端截形，花后翻卷，两侧各一枚较狭，披针形，顶端近锐尖；
聚药雄蕊具长1-2毫米的总柄，近圆形或稍横展的椭圆形，直径2.5-4毫米，顶端稍扁压，花药同型，呈平行线状，纵裂，药室20-30；
雌花序圆柱状或棍棒状长圆形，长3-5厘米，嫩时红黄色，后转红褐色；
子房卵圆形，着生于花序轴上或常着生于附属体下部；
附属体倒卵状棍棒形。
花期11-12月。