高雄卷柏，土生或石生，基部横卧，高8-30厘米，具一横走的地下根状茎和游走茎，主茎基部无块茎。
根托生达茎的上部，或只限于匍匐根状茎和游走茎上，自茎的分叉处下方生出，长0.8-3.2毫米，纤细，直径0.2-0.5毫米，根多分叉，密被毛。
主茎自近基部羽状分枝，不呈“之”字形，无关节，禾秆色，不分枝的主茎高8-15厘米，茎卵圆柱状或圆柱状，具沟槽或不具沟槽，光滑，维管束1条，主茎先端鞭状，有时侧枝先端也呈鞭状，侧枝2-6对，1-2回羽状分枝，小枝排列紧密，主茎上相邻分枝相距1.5-3厘米，分枝无毛，背腹压扁，主茎在分枝部分中部连叶宽4.4-6.6毫米，末回分枝连叶宽3-4.5毫米。
叶全部交互排列，二形，草质，表面光滑，边缘不为全缘，具白边，在不分枝的主茎上接近，主茎上的叶大于分枝上的，二形，黄色或红色，背腹压扁，背部不呈龙骨状，边缘具睫毛。
主茎上的腋叶较分枝上的大，卵形或卵状披针形，基部钝，分枝近对称，卵圆形，2.0-3.0毫米×1.0-1.4毫米，边缘睫毛状。
中叶不对称，主茎上的叶略大于分枝上的，分枝上的中叶斜卵圆形，0.7-1.6毫米×0.4-0.9毫米，接近，背部不呈龙骨状或略呈龙骨状，先端与轴平行或常向后弯，先端具长尖头到具短芒，基部斜近心形，非盾状，边缘具长睫毛，向先端具细齿。
侧叶不对称，主茎上的较侧枝上的大，分枝上的侧叶长圆状镰形，外展，接近，2.5-3.0毫米× 1.0-1.5毫米，先端急尖。
微具细齿，上侧基部圆，不覆盖小枝，上侧边缘不为全缘，上侧基部边缘具睫毛，向先端具细齿，下侧基部圆形，下侧边缘不为全缘，基部具睫毛（常有几根长睫毛），向先端具细齿。
孢子叶穗紧密，四棱柱形，单生于小枝末端，3.0-7.0毫米×1.5-3毫米；
孢子叶略二形，倒置，上侧的孢子叶略长，白边不明显，上侧的孢子叶卵圆形，边缘具睫毛，锐龙骨状，先端渐尖，下侧的孢子叶卵圆形，边缘具睫毛；
大孢子叶分布于孢子叶穗下部的下侧，或大、小孢子叶相间排列。
大孢子橘黄色；
小孢子橘红色或红色。
