基芽耳蕨，小型夏绿岩隙植物，植株高5-30厘米。
根状茎短而直立，顶端及叶柄基部密被鳞片；
鳞片红棕色，二型，较大的鳞片披针形，全缘，较小的鳞片狭长披针形，基部边缘有流苏状疏长齿。
叶多数簇生；
叶柄浅绿禾秆色，纤细，长2-8厘米，基部直径不足1毫米，上面有沟槽；
叶片狭长椭圆披针形，长4-17厘米，中部宽0.7-2厘米，顶端渐尖，向基部渐变狭，二回羽状分裂或近二回羽状（即羽片基部有1对几完全分离的裂片)；
侧生羽片15-30对，近平展，互生或近对生，以狭间隔分开，近矩圆形或矩圆短披针形，钝头或急尖头，基部有短柄，不对称楔形，上侧与叶轴近平行，下侧与叶轴成钝角斜切，基部深裂几达中肋，向上深半裂至半裂，中部羽片最大，长0.5-1.4厘米，宽2-4毫米，下部羽片渐缩短，基部的长2-7毫米；
裂片倒卵形或短披针形，锐尖头或急尖头，有时近钝头，中部羽片的裂片在中肋下侧1-5片，上侧2-6片，基部上侧1片较大，深裂几达中肋，突起呈耳状，顶端有2-4个粗齿或浅裂成2-4个小裂片；
叶脉两面不明显，有时下面可见，在每一裂片、二回裂片或粗齿内仅有1条脉。
叶草质，干后绿色，上面色较深；
叶轴浅绿禾秆色，上面有沟槽，两面疏被红棕色、线形、全缘或基部有纤维状疏长齿的小鳞片，基部上面第一对羽片之间常生长1个小的芽胞；
羽片两面疏被棕色瓶棒形的小鳞片及针状节毛，下面较多。
孢子囊群背生于小脉下部，接近羽片中肋，每裂片1个，在基部上侧的耳状裂片上通常有1-3个，有时该裂片不育；
圆盾形的囊群盖大，成熟时棕色，薄膜质，密接，边缘浅撕裂状。
孢子赤道面观半圆形，周壁宽，形成少数相互连接的褶皱。
